Fungió como registrador de Ciudadanos en el Tribunal Supremo Electoral. Se le cuestiona haber dejado fuera de la contienda electoral de 2023 a varios candidatos y facilitar la inscripción de otros. Mantuvo su postura de no suspender al partido Movimiento Semilla, a pesar de las presiones de la Feci y el juez Fredy Orellana, quienes buscaban que el partido no pudiera competir en el balotaje presidencial y, luego de electos, asumir el gobierno.

Fue destituido en agosto de 2024, durante la presidencia de la magistrada Blanca Alfaro.

Muñoz postuló a magistrado de la Corte de Apelaciones. Fue electo por la comisión específica y luego por el Pleno del Congreso. El día de la toma de posesión se ejecutó la primera de dos órdenes de captura en su contra.