En mayo de 2023, la Corte de Constitucionalidad ordenó investigar a los responsables de la inscripción de candidatos por el Partido Prosperidad Ciudadana, el cual no podía estar vigente porque incumplió con los procedimientos de organización y los plazos de realización de sus asambleas. A través de acciones legales, el partido logró mantenerse vigente y presentó la candidatura presidencial de Carlos Pineda, quien lideraba las encuestas de intención de voto.

Muñoz Jordán fue el responsable de avalar todas las inscripciones a puestos de elección popular del partido Prosperidad Ciudadana, pero también las anuló luego de la resolución del ente constitucional. Esto reconfiguró por completo la competencia electoral. El partido Cambio, del convicto Manuel Baldizón, presentó acciones legales para tumbar al partido.

La Fiscalía contra Delitos Electorales accionó legalmente contra el Registrador de Ciudadanos después de que se negó a suspender al partido Movimiento Semilla, cuyo binomio presidencial ganó el balotaje. La primera acción fue pedir el retiro del antejuicio, pero en abril de 2024 la Corte Suprema de Justicia rechazó la solicitud.

El funcionario es señalado de haber impedido la inscripción electoral de varios aspirantes a puestos de elección popular, entre ellos del partido VOS y el Movimiento para la Liberación de los Pueblos (MLP):

En agosto de 2024, el funcionario fue despedido de su cargo y perdió la inmunidad.

Postuló para ser elegido como magistrado de la Corte de Apelaciones y fue seleccionado por la comisión postuladora y el Congreso.

Fue capturado el 13 de octubre de 2024, durante el evento de toma de juramento como magistrado de Apelaciones ante el Pleno del Congreso.

La Corte Suprema de Justicia que tomó posesión el 13 de octubre de 2024 lo asignó como presidente de la Sala de Apelaciones de Salamá, Baja Verapaz, pero por los casos que enfrenta no pudo tomar posesión.